Selama ini, alasan utama untuk menghentikan kasus hukum Soeharto adalah sakit sehingga tidak layak diadili (unfit to trial). Tidak main-main, sakit yang diderita Soeharto seperti berkali-kali dinyatakan adalah “kerusakan otak permanen”. Dengan demikian, menjadi tidak mungkin untuk membawa Soeharto ke pengadilan.
Namun ketika mengalami kritis selama 24 hari di RS Pertamina sebelum akhirnya dinyatakan meninggal dunia, ada satu fenomena aneh mengenai kondisi kesehatan Soeharto. Tim dokter yang menangani Soeharto menyatakan bahwa fungsi organ Soeharto relatif bagus, hanya ada masalah di jantung, penurunan fungsi ginjal serta penurunan fungsi paru-paru. Sama sekali tidak muncul persoalan di otak dan syaraf Soeharto. Bahkan beberapa kali tim dokter RS Pusat Pertamina menyatakan bahwa kondisi Soeharto masih lemah namun tingkat kesadarannya membaik serta tekanan darah stabil dan bisa merespon apa yang disampaikan kepadanya (www.menkokesra.go.id).
Hal itu memunculkan kembali pertanyaan mengenai keabsahan dari argumentasi yang selama ini dikemukakan untuk menghambat dan menghentikan proses pengadilan terhadap Soeharto. Untuk mencoba menjawab pertanyaan tersebut, ada baiknya kita telusuri kembali perjalanan kasus Soeharto serta kondisi kesehatan dan kemunculannya di publik.
Di awal proses hukum terhadap dirinya tahun 1998, Soeharto masih sehat wal afiat dan mampu datang ke Kejaksaan Agung untuk menyerahkan dua konsep surat kuasa untuk mengusut harta kekayaannya, baik di dalam maupun di luar negeri. Bahkan pada bulan Desember 1998, Soeharto sempat diperiksa oleh Tim 13 Kejaksaan Agung yang diketuai Antonius Sujata selama 4 jam di Gedung Kejaksaan Tinggi Jakarta. Dalam pengusutan kasus penyalahgunaan dana yayasan yang dipimpin Soeharto tersebut, Tim 13 menemukan indikasi unsur perbuatan melawan hukum yang dilakukan Soeharto. Dalam kasus tersebut, Tutut (anak sulung Soeharto) juga sempat diperiksa oleh Kejaksaan Agung.
Untuk memperlihatkan niat baiknya dalam penyelesaian kasus ini, melalui tujuh yayasan yang dipimpinnya, Soeharto mengembalikan uang negara sebesar Rp 5,7 triliun. Dan kemudian pada bulan Maret 1999 Soeharto meminta Kejaksaan Agung untuk menghentikan penyelidikan dugaan KKN terhadap dirinya. Namun proses hukum tetap dilanjutkan oleh Kejaksaan Agung. Bahkan, tiga kroni Soeharto yaitu Bob Hasan, Kim Yohannes Mulia dan Deddy Darwis juga diperiksa oleh Kejaksaan Agung dalam kasus yang sama.
Sejak itulah Soeharto kemudian menjadi sering keluar-masuk rumah sakit. Pada bulan Juli 1999, dia terserang stroke ringan dan sempat dirawat di RS Pertamina. Pertengahan Agustus, Soeharto dinyatakan terkena pendarahan usus dan kemudian dilarikan ke rumah sakit. Soeharto semestinya menjalani pemeriksaan di Kejaksaan Agung pada bulan Oktober 1999, namun tidak dapat hadir dengan alasan sakit.
Pada awal Oktober 1999, Kejagung sempat mengeluarkan Surat Perintah Penghentian Penyidikan (SP3) terhadap kasus Soeharto karena minimnya bukti. Namun Abdurrahman Wahid, presiden yang baru saja terpilih dan diangkat pada tanggal 20 Oktober 1999, kemudian mencabut SP3 tersebut dan membuka kembali pemeriksaan kekayaan Soeharto. Dan setelah itu, lagi-lagi Soeharto sering dinyatakan sakit. Apalagi dengan kemudian Soeharto dinyatakan terlibat dalam penyalahgunaan dana yayasan dan ditetapkan sebagai tahanan kota, dan kemudian dijadikan tahanan rumah pada bulan Mei 2000.
Sidang pengadilan pertama terhadap Soeharto diselenggarakan pada tanggal 31 Agustus 2000, namun Soeharto tidak hadir (lagi-lagi) dengan alasan sakit. Juan Felix Tampubolon, pengacara Seharto menyatakan bahwa kliennya terkena kerusakan otak permanen, sehingga Kejaksaan Agung harus menghentikan penyidikannya, karena jika diteruskan akan melanggar HAM Soeharto. Dokter RS Pertamina memperkuat hal tersebut, setelah memeriksa otak Soeharto, menyatakan memiliki masalah syaraf dan mental dan sulit berkomunikasi. Akhirnya, 29 September 2000, majelis hakim PN Jakarta Selatan menetapkan sidang tak diteruskan dan harus dihentikan.
Setelah itu berbagai pemberitaan dan pernyataan memaparkan buruknya kondisi kesehatan Soeharto. Beberapa kali sepanjang tahun 2001-2002 Soeharto masuk RS Pertamina, baik untuk pemeriksaan rutin, menjalani operasi jantung maupun memperoleh perawatan medis. Namun, tiba-tiba pada bulan Oktober 2002 Soeharto berziarah ke makam Tien Soeharto di Astana Giribangun, Mangadeg, Karanganyar. Ketika itu, dia terlihat sehat dan bahkan mampu berjalan sendiri tanpa dipapah maupun menggunakan tongkat. Dan Soeharto juga mampu menghadiri pernikahan salah satu cucunya pada bulan Maret 2003.
Media massa mengangkat kehadiran Soeharto dalam pernikahan cucunya tersebut, dan memperlihatkan bagaimana Soeharto bercakap-cakap berjam-jam dengan para tamu. Dan tidak lama berselang, Soeharto diberitakan kembali masuk rumah sakit akibat pendarahan saluran pencernaan dan sudah merembet ke jantung. Kontroversi mengenai kesehatan Soeharto dan tuntutan pengadilan terhadapnya pun kembali mereda.
Pada awal tahun 2004, Kejaksaan Negeri Jakarta Selatan memeriksa kondisi kesehatan Soeharto atas perintah Kejaksaan Agung. Tim dokter RSCM kemudian tiga kali memeriksa kesehatan Soeharto, dan kesimpulannya adalah: Soeharto menderita cacat psikologi permanen yang menghambat daya ingatnya. Anehnya, tidak lama kemudian Soeharto kembali terlihat segar bugar ketika menerima sahabat karibnya dari negeri Jiran, Mahathir Mohamad. Menurut Mahathir, dalam pertemuan tersebut Soeharto terlihat sehat, hanya saja berbicaranya tidak lancar.
Soeharto tidak cukup lama sehat, karena dua bulan kemudian dia kembali diberitakan memburuk kesehatannya. Diagnosa dokter masih sama dengan penyakit sebelumnya, yaitu pendarahan usus. Akibat pendarahan usus tersebut, Soeharto sempat dirawat selama beberapa hari di RS Pertamina. Tidak muncul informasi yang berkaitan dengan problem syaraf ataupun mental dari mantan presiden ini.
Kerusakan jaringan otak dan syaraf kembali dikemukakan oleh tim dokter RS Pertamina yang rutin merawat Soeharto seiring dengan niat Kejaksaan Agung untuk memeriksa ulang kesehatan Soeharto. Hal ini dipicu oleh kontroversi mengenai kesehatannya yang kembali muncul di tahun 2006. Soeharto dengan segala penyakit dan kerusakan otak dan mental yang diidapnya, ternyata terlihat sehat dan segar ketika menjadi saksi pernikahan Gendis, putri Bambang Trihatmodjo dan Halimah pada tanggal 23 April 2006 di Masjid At-Tiin, TMII. Dalam acara tersebut, Soeharto cukup sehat untuk dapat melakukan tanda tangan sebagai saksi pernikahan.
Niat Kejaksaan Agung untuk memeriksa ulang kesehatan Soeharto agar bisa dipastikan kehadirannya dalam persidangan, ditantang dan ditentang oleh keluarga serta pengacara Soeharto. Juan Felix mengatakan bahwa pengecekan ulang kesehatan Soeharto hanya membuang-buang uang, tenaga, dan pikiran. Menurutnya pemeriksaan kesehatan Soeharto sudah berkali-kali dilakukan dan hasil pemeriksaan selalu sama, yakni kerusakan saraf permanen.
Dan seperti kejadian-kejadian sebelumnya, tidak lama kemudian Soeharto dilarikan ke rumah sakit karena mengalami pendarahan yang mengakibatkan penurunan kadar sel darah merah dalam darah atau Hemoglobin (Hb). Padahal sebelumnya selain menghadiri perkawinan Gendis, Soeharto juga tidak terlihat sakit ketika bertemu dengan mantan PM Singapura, Lee Kuan Yew. Kali ini Soeharto dinyatakan sempat kritis kondisinya, dan baru diperbolehkan pulang dari rumah sakit tanggal 31 Mei 2006. Dan untuk kesekian kalinya, diskursus untuk menyeret Soeharto ke pengadilan kembali menghilang.
Tim dokter dari RS Cipto Mangunkusumo (RSCM) yang dibentuk Kejaksaan Agung untuk memastikan kondisi kesehatan Soeharto ternyata juga menghasilkan kesimpulan yang sama, Soeharto dinyatakan mengalami gangguan kesehatan otak permanen yang menghambat daya ingatnya. Akibatnya, pada tanggal 11 Mei 2006 Jaksa Agung Abdul Rahman Saleh menerbitkan Surat Ketetapan Penghentian Penuntutan Pidana (SKP3) untuk perkara Soeharto. Langkah ini oleh banyak kalangan merupakan titik nadir bagi proses pengadilan terhadap Soeharto.