Di awal tahun 2005, ELSAM (Lembaga Studi dan Advokasi Masyarakat) mengeluarkan laporan berjudul Tutup Buku Dengan Transitional Justice?. Laporan ini dibuat untuk meninjau sejauh mana implementasi kewajiban negara dalam memajukan, melindungi dan menghormati hak asasi manusia (HAM) selama rentang waktu 1999-2004. Pada kesimpulannya, laporan tersebut menyimpulkan:
“Implementasi agenda penegakan hak asasi manusia, sebagai perwujudan agenda reformasi, terlihat berjalan di tempat. Penyelesaian kasus-kasus pelanggaran hak asasi manusia masa lalu (dan saat ini) dilakukan dengan selektif, hanya ditujukan bagi pelanggaran pada pertengahan 80-an hingga akhir 90-an. Itupun dengan hukuman yang jauh dari rasa keadilan, dan hanya dikenakan pada aktor lapangan sedangkan aktor pembuat kebijakan tidak tersentuh sama sekali! Selective justice begitu kentara, sehingga impunity masih dinikmati oleh pelaku yang berkedudukan tinggi”.
Dibebaskannya Eurico Gutteres melalui putusan Peninjauan Kembali (PK) pada awal April 2008 ini menunjukkan situasi tersebut belum berubah. Pertanyaannya, mengapa hal ini terjadi? Apakah karena mekanisme penyelesaian yang ada tidak mumpuni, atau karena faktor lainnya?
Pada era reformasi ada dua mekanisme yang disiapkan untuk menyelesaikan pelanggaran HAM yang berat, yaitu Pengadilan HAM dan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR). Pengadilan HAM dibentuk melalui UU No. 26/2000, sedangkan KKR dibentuk melalui UU No. 27/2004. Belakangan, UU No. 27/2004 dinyatakan tidak berlaku oleh Mahkamah Konstitusi, akibatnya, saat ini hanya Pengadilan HAM yang menjadi satu-satunya mekanisme penyelesaian pelanggaran berat HAM.
Pengaturan UU No. 26/2000 pada dasarnya tidak jauh berbeda dengan mekanisme penyelesaian kasus pidana pada umumnya. Hanya saja, UU ini menempatkan Komnas HAM sebagai penyelidik, dan Jaksa Agung sebagai penyidik dan penuntut umum. Sedangkan hukum acaranya masih memakai KUHAP jika tidak diatur secara khusus dalam UU tersebut.
Pada awalnya, UU No. 26/2000 dirasa cukup mumpuni untuk menyelesaikan kasus pelanggaran HAM yang berat. Hal ini dapat dilihat pada penyelesaian kasus Timor Timur, kasus Tanjung Priok, dan kasus Abepura. Meskipun putusan pengadilan terhadap kasus-kasus tersebut mengecewakan, tetapi pada dasarnya mekanisme penyelesaian tidak mengalami hambatan yang berarti.
UU No. 26/2000 baru dianggap mempunyai kekurangan ketika dipakai untuk menyelesaikan kasus Trisakti-Semanggi I dan II (TSS), dan kasus Peristiwa Mei 1998. Kejaksaan Agung mengembalikan berkas hasil penyelidikan kedua kasus tersebut kepada Komnas HAM dengan alasan tidak memenuhi persyaratan formal, karena penyelidiknya tidak disumpah.
Sebaliknya, Komnas HAM menolak alasan Kejaksaan Agung tersebut. Dasar penolakannya: kasus-kasus terdahulu juga telah diperiksa dalam pengadilan HAM meskipun penyelidiknya tidak disumpah. Komnas HAM menilai alasan Kejaksaan Agung terlalu mengada-ada. Perbedaan pendapat ini mengakibatkan berkas hasil penyelidikan tersebut bolak-balik antara Kejaksaan Agung dan Komnas HAM.
Khusus untuk kasus TSS, DPR pernah menyimpulkan bahwa tidak terdapat pelanggaran HAM yang berat di sana. Kesimpulan ini juga yang akhirnya dipakai oleh Kejaksaan Agung untuk menolak menindaklanjuti kasus TSS. Jika dilihat dari substansi UU No. 26/2000, tindakan DPR tersebut sebenarnya telah melampaui kewenangannya. Dalam UU ini DPR tidak diberi kewenangan untuk menentukan apakah dalam suatu peristiwa ada pelanggaran HAM atau tidak. DPR hanya ditugasi mengusulkan kepada Presiden untuk membentuk Pengadilan HAM ad hoc, sebagai legitimasi pemberlakuan asas retroaktif dalam penyelesaian kasus pelanggaran HAM yang berat.
Sementara itu, untuk kasus penghilangan paksa, Kejaksaan Agung berpendapat agar dibentuk pengadilan HAM terlebih dahulu sebelum kasus tersebut ditindaklanjuti ke tahap penyidikan. Pendapat Kejaksaan Agung ini sebenarnya bermula dari kelemahan UU No. 26/2000 yang tidak menentukan lebih jauh pada tahap apa Pengadilan HAM ad hoc dibentuk: sebelum penyelidikan, sebelum penyidikan atau sesudah penyidikan.
Dari uraian di atas tampak sekali bahwa Kejaksaan Agung mencari-cari celah untuk mengelak dari tanggung jawab menindaklanjuti hasil penyelidikan Komnas HAM. Alih-alih membuat terobosan hukum untuk mengatasi kelemahan UU No. 26/2000, Kejaksaan Agung malah mengeksploitasi kelemahan-kelemahan yang ada dalam UU ini untuk menghambat penyelesaian kasus-kasus pelanggaran berat HAM.
Selama ini, Komnas HAM sebagai penyelidik telah cukup progresif menjalankan mandatnya. Sejumlah tim khusus telah dibentuk Komnas HAM untuk menyelidiki dugaan pelanggaran berat HAM. Hambatan-hambatan dalam penyelidikan, misalnya: keengganan pihak tertentu untuk memenuhi panggilan Komnas HAM, pada dasarnya tidak terlalu menggangu proses penyelidikan. Dalam kasus Peristiwa Mei 1998, banyak pihak yang tidak memenuhi panggilan untuk dimintai keterangan, tetapi Komnas HAM masih mampu merampungkan tugasnya. Hambatan penyelesaian kasus tersebut sebenarnya ada di Kejaksaan Agung. Lembaga ini nampaknya tidak mempunyai kemauan politik yang cukup kuat untuk merampungkan agenda reformasi.