Dilihat dari alotnya keputusan SKB tiga menteri menyangkut Ahmadyah. Jelas kalau pemerintah terjebak dalam dilema. Persoalaannya terbentang lebar: pemerintah sadar betul bahwa membubarkan Ahmadyah jelas salah. Selain itu melanggar konstitusi yang melindungi kebebasan berserikat dan berkumpul, Ahmadyah juga tidak melakukan pelanggaran norma dan aturan apapun di Republik ini. Jadi, tidak ada alasan legal apapun yang bisa diapakai untuk membubarkannya. Sehingga, tuntutan membubarkan Ahmadyah sama halnya upaya untuk meletakkan pemerintah di tepi jurang inkonstitusionalisme.
Akhir-akhir ini, MUI dan sejumlah ormas Islam terus mendesak negara agar mengeluarkan keputusan politik yang menyatakan Ahmadiyah sebagai aliran sesat dan melarang aktivitasnya di seluruh Indonesia. Sejumlah kelompok massa Islam yang anti Ahmadiyah melakukan sejumlah aksi kekerasan dengan cara menyerang para pengikut Ahmadiyah , merusak tempat ibadah dan aset-aset milik Ahmadiyah lainnya.
Adalah suatu fakta bahwa saat ini terjadi penetrasi untuk menjadikan agama sebagai aturan bernegara. Dalam sejarah Indonesia, penetrasi ini sebenarnya bukanlah hal yang baru. Pada rapat-rapat persiapan kemerdekaan Indonesia muncul perdebatan-perdebatan tentang dasar negara Indonesia, apakah sekuler atau berdasarkan syariat Islam. Perdebatan tersebut kemudian didamaikan melalui pidato Soekarno pada tanggal 1 Juni 1945 tentang Pancasila. Namun, kenyataannya masih tercantum kalimat ”...menjalankan syariat Islam...” dalam rumusan Pancasila. Naskah inilah kemudian yang dikenal sebagai Piagam Jakarta. Pada kesimpulan akhir, demi terjaminnya kehidupan bernegara yang baik, kalimat tersebut disepakati untuk dihilangkan, dan jadilah rumusan Pancasila seperti yang sekarang ini.
Kegagalan negara menjamin kebebasan beragama sebagaimana diamanatkan konstitusi menimbulkan konsekuensi yang amat serius. Rumah kita bersama, Indonesia menjadi gaduh dan tidak tentram lagi akibat ulah kelompok Islam fundamentalis yang dengan pongahnya mengangkangi hukum serta secara sewenang-wenang menghakimi umat beragama dan penganut aliran minoritas. Celakanya, alih-alih mendinginkan suasana, sebagian yang menganggap dirinya sebagai pemimpin umat (ulama) malah mengobarkan semangat permusuhan. Ulama yang tergabung dalam MUI itu menerbitkan sejumlah fatwa yang telah digunakan sebagai basis valid bagi tingkah barbarik kelompok Islam fundamentalis yang memakai cara kekerasan untuk menindaki umat beragama dan penganut aliran minoritas.
Untuk kesekian kalinya persoalan Ahmadiyah menjadi perhatian publik karena beberapa kelompok Islam menuntut pembubaran aliran agama tersebut. Kembali kekerasan dilakukan terhadap kelompok ini, seperti yang terjadi pada Masjid Al-Furqon milik jemaah Ahmadiyah di Parakansalak, Kabupaten Sukabumi, Jawa Barat, yang dibakar massa, Senin (28/4) pukul 01.00 WIB dini hari. Selain membakar Masjid Al-Furqon, massa juga merusak tiga bangunan madrasah serta membuat kocar-kacir ratusan warga jemaah Ahmadiyah (Tempo Interaktif, 28 April 2008). Setelah 80 tahun berada di Indonesia, mungkin 3-4 tahun belakangan ini menjadi tahun-tahun terberat para pengikut Ahmadiyah. Sejarah memperlihatkan bahwa sejak awal kedatangannya, aliran ini menimbulkan banyak pro dan kontra. Namun tidak pernah perdebatan sebelumnya mengikutsertakan kekerasan, apalagi dalam intensitas seperti sekarang ini.
Indonesia menjamin tiap warga bebas beragama. Inilah hak asasi manusia yang dijamin oleh konstitusi. Ini juga inti dari asas Bhineka Tunggal Ika, yang menjadi sendi ke-Indonesia-an kita.Tapi belakangan ini ada sekolompok orang yang hendak menghapus hak asasi itu dan mengancam ke-bhineka-an. Mereka juga menyebarkan kebencian dan ketakutan di masyarakat. Bahkan mereka mengunakan kekerasan, seperti yang terjadi terhadap penganut Ahmadiyah yang sejak 1925 hidup di Indonesia dan berdampingan damai dengan umat lain. Pada akhirnya mereka akan memaksakan rencana mereka untuk mengubah dasar Negara Indonesia, Pancasila, mengabaikan konstitusi, dan menghancurkan sendi kebersamaan kita. Kami menyerukan, agar pemerintah, para wakil rakyat, dan para pemegang otoritas hukum, untuk tidak takut pada tekanan yang membahayakan ke-Indonesia-an itu. Marilah kita jaga republik kita. Marilah kita pertahankan hak-hak asasi kita. Marilah kita kembalikan persatuan kita.