Pada titik ini KPK kemudian mencoba menjalankan perannya, sesuai dengan fungsi penindakan serta pencegahan yang diembannya. Penangkapan Jaksa Urip yang direspons secara absurd oleh pihak kejaksaan, serta bukti-bukti di pengadilan yang mengungkapkan jaringan kolusif-koruptif dalam Kejaksaan Agung, merupakan cara KPK untuk “memaksa” pemerintah bertindak tegas dalam reformasi kejaksaan. Sayangnya, “umpan matang” dari KPK ini tidak disambut baik oleh pemerintah. Entah mengapa, tidak muncul kegeraman kepada Jaksa Agung akibat kasus ini, seperti halnya yang terjadi pada Menteri Pertambangan dan Energi pada kasus lain. Seakan-akan kasus korupsi di Kejaksaan Agung jauh kalah penting dibandingkan dengan obsesi mengenai sumber energi alternatif.
Korupsi di lingkungan kejaksaan dan juga di lembaga peradilan lainnya yang melibatkan polisi, hakim dan juga pengacara sudah menjadi common knowledge. Kasus-kasus korupsi seperti kasus Suyitno Landung, kasus Tengku Syaifuddin Popon, dugaan kasus korupsi yang melibatkan tiga hakim agung (M. Yahya Harahap, Marnis Kahar, dan Supraptini Sutarto), ditambah dengan berbagai hasil riset tentang korupsi di Indonesia, seharusnya sudah lebih dari cukup menjadi dasar bagi perlunya reformasi total terhadap lembaga peradilan di Indonesia. Bahkan, Ketua Muda Pengawasan Mahkamah Agung, Djoko Sarwoko SH, mengakui bahwa berdasarkan pengalamannya sebagai hakim dan pejabat MA, sekitar 90 persen hakim di Indonesia korup dan suka memproyekkan perkara (Jawa Pos, 6/12/07).
Dengan demikian, sudah waktunya untuk mengambil tindakan drastis dalam pembersihan korupsi di lembaga peradilan. Reformasi institusional di Indonesia, termasuk reformasi di tubuh lembaga peradilan, selama ini dijalankan dengan pendekatan yang gradual dan perlahan, yang pada dasarnya juga berbiaya besar dan mengalami banyak kendala. Sementara, tidak ada jaminan bahwa hasilnya akan memuaskan dan sesuai dengan harapan. Bahkan perubahan gradual ini telah membuka ruang bagi munculnya pertimbangan-pertimbangan pragmatis yang semakin mengaburkan tujuan strategis yang hendak dicapai.
Dalam kerangka perubahan gradual, untuk melakukan kontrol dan penegakan hukum, khususnya korupsi di lembaga peradilan, ada beberapa prasyarat yang harus dilakukan. Peran dan kewenangan KPK harus diperluas. Korupsi yang terjadi di lembaga peradilan, dalam hal ini korupsi yang melibatkan polisi, jaksa, hakim dan pengacara dalam proses peradilan, harus secara spesifik ditegaskan sebagai wilayah kerja, tugas dan kewenangan KPK. Dalam menjalankan tugasnya tersebut, KPK dibantu oleh komisi yang ada di masing-masing lembaga, yaitu Komisi Kepolisian, Komisi Kejaksaan, Komisi Yudisial, serta organisasi pengacara (Peradi, KAI dll). Komisi Kejaksaan yang sudah dibentuk pada tahun 2006, harus lebih aktif dalam melakukan pengawasan, pemantauan, dan penilaian terhadap kinerja, sikap dan perilaku Jaksa. Di samping itu, hasil kerja Komisi Kejaksaan selain disampaikan kepada Jaksa Agung, juga harus disampaikan kepada KPK. Sementara, Komisi Yudisial memiliki tugas yang masih sangat abstrak, yaitu untuk menegakkan kehormatan dan keluhuran martabat serta menjaga perilaku hakim. Komisi ini tidak diberi kewenangan untuk melakukan pengawasan terhadap hakim, seperti halnya Komisi Kejaksaan. Akibatnya, yang lebih menonjol adalah aspek politis dari kewenangan untuk mengusulkan pengangkatan hakim agung kepada DPR.
Di tingkat kelembagaan, tidak ada pilihan lain, pemerintah harus segara mengambil langkah yang cepat, efektif dan dramatis, dengan pendekatan Napoleonistik, untuk membersihkan lembaga peradilan dari korupsi. Salah satu pilihan cara yang paling ekstrem adalah dengan menyingkirkan istitusi yang lama dan menggantinya dengan institusi baru, tentunya juga dengan aturan-aturan yang baru pula. Jika langkah ini dianggap terlalu ekstrem, bisa saja diambil reformasi total di tingkat personel dan aturan kelembagaan. Di sini perubahan mendasar dilakukan pada aturan-aturan kelembagaan, serta pergantian secara menyeluruh personel-personel yang ada di dalamnya. Pergantian personel juga bisa dilakukan secara parsial, dengan memberikan pensiun dini kepada hakim dan jaksa yang berusia di atas 45 tahun, misalnya. Tentu kebijakan semacam ini harus diikuti pula dengan pengetatan di tingkat regulasi dan kontrol.
Khusus bagi lembaga Kejaksaan Agung, dengan berbagai indikasi korupsi yang semakin menyengat serta kasus jual beli perkara yang banyak terbongkar, patut untuk memperoleh perlakuan khusus. Kasus suap/pemerasan yang dilakukan Jaksa Urip, tidak cukup direspons hanya dengan menon-aktifkan Jaksa Agung Muda Bidang Tindak Pidana Khusus (Jampidsus) Kemas Yahya Rahman dan Direktur Penyidikan pada Jampidsus M. Salim, yang merupakan dua atasan langsung dari Jaksa Urip.
Adanya bukti bahwa Jampidsus terlibat dalam kasus tersebut, serta dugaan kuat mengenai keterlibatan petinggi-petinggi lain di Kejaksaan Agung, memperkuat kebutuhan untuk melakukan pembersihan total terhadap Kejaksaan Agung. Presiden SBY harus dengan tegas memulai langkah pemberantasan korupsi di Kejaksaan Agung dengan mencopot Hendarman Supandji dari posisinya sebagai Jaksa Agung. Penggantian Jaksa Agung ini musti diikuti pula dengan penggantian Wakil Jaksa Agung dan keenam Jaksa Agung Muda, serta para direktur atau inspektur yang ada di bawahnya. Ketiga lapis tertinggi Kejaksaan Agung tersebut harus diganti dengan orang-orang baru yang berasal dari luar kejaksaan, dengan tugas utama untuk membangun kultur dan sistem kerja baru di lingkungan Kejaksaan Agung. Setelah kultur dan sistem kerja yang baru ini terbangun dan mapan, Kejaksaan Agung dapat diserahkan kembali kepada para jaksa karir.
Hanya dengan pembersihan total semacam itu, dan menggantinya dengan orang-orang baru yang relatif belum terkontaminasi oleh kultur transaksional di kejaksaan, kita akan bisa memiliki lembaga Kejaksaan Agung yang bersih dari korupsi. Kejaksaan Agung yang benar-benar memiliki kesetiaan, kesempurnaan dan tanggung jawab, serta kebijaksanaan dalam tutur kata dan tingkah laku, sesuai dengan doktrin Kejaksaan Republik Indonesia: Tri Krama Adhyaksa.